Po zakończenia podstawowych prac remontowych: renowacji elewacji, wymiany okien i pokrycia dachowego, odnowienia wież wraz z wieńczącymi je pozłacanami krzyżami, odtworzonej, według pierwotnego projektu, sygnaturki itd., kościół pw. Św. Rafała Archanioła w Wilnie nie tylko odzyskał swój historyczny wygląd, ale również miano jednego z najpiękniejszych stołecznych świątyń.
W połowie 2022 roku rozpoczęły się prace renowacyjne wewnątrz kościoła, rozpoczęto wymianę instalacji elektrycznej, planowane jest odnowienie ołtarzy bocznych, ścian i sklepienia. Niestety, ogrom prac i szalejąca inflacja sprawia, że równie szybko rosną kwoty niezbędne do sfinansowania nawet podstawowych prac remontowych wewnątrz kościoła. Ofiarność parafian, datki na odnowienie świątyni, są istotnym wsparciem, niemniej fundusz remontowy zdecydowanie wymaga uzupełnienia również z innych źródeł.
Zgodnie z porozumieniem zawartym pomiędzy Parafią św. Rafała Archanioła w Wilnie i Fundacją Litvanus, fundacja wesprze realizację prac remontowych i renowacyjnych w kościele pw. Św. Rafała Archanioła w Wilnie.
Historia kościoła pw. Św. Rafała Archanioła w Wilnie
Kościół został ufundowany w 1703 roku przez pisarza ziemskiego litewskiego Michała Koszyca dla zakonu jezuitów. Grunt ofiarowała i budowę wsparła rodzina Sapiehów. Z powodu wojen budowa opóźniała się i największe prace wykonano w latach 1715-1730. Kościół św. Rafała stał się tym samym czwartą świątynią jezuitów w Wilnie. Klasztor został ostatecznie ukończony w 1740, a kościół św. Rafała stał się częścią kompleksu klasztornego i czwartą świątynią jezuitów w Wilnie.
Dwa lata po pożarze w 1749 roku, podjęto kolejne prace nad wieżami i fasadą. Wykonano, odróżniające się od wcześniejszych form kościoła, późnobarokowe dynamiczne zwieńczenia. Dwie kondygnacje wież wznoszące się ponad gzymsem i górnym pasem cokołowym cechuje lekkość i jest typowym przykładem baroku wileńskiego.
Kościół otrzymał też dziewięć rokokowych ołtarzy, w tym ołtarz główny, zaprojektowany przez Jana Krzysztofa Glaubitza, wybitnego architekta, który wraz ze słynnym Wawrzyńcem Gucewiczem jest uznawany za współtwórcę oblicza Wilna w XVIII w. Architektoniczna kolumnada głównego ołtarza (12 kolumn) z czterema rokokowymi posągami aniołów po obu stronach obrazu, wypełnia całą przestrzeń prezbiterium.
Obraz w ołtarzu głównym, przedstawiający św. Archanioła Rafała, został namalowany przez, urodzonego w roku 1689 w Krakowie, mistrza barokowego malarstwa religijnego i portretowego – Szymona Czechowicza – Polaka, który swym talentem zrównał się z najlepszymi włoskimi malarzami swego czasu.
W czasie wojny Napoleona z Rosją w 1812 roku wnętrza kościoła doznały zniszczeń przez stacjonujące w nim wojska, zaś w 1832 roku, po stłumieniu powstania listopadowego, świątynia została zamieniona na magazyn armii carskiej i do użytku sakralnego przywrócono ją dopiero w 1860 roku.
Trzy lata później, 5 czerwca 1863 r. z wyroku sądu rosyjskiego, za sprzyjanie Powstaniu Styczniowemu, na Placu Łukiskim w Wilnie został publicznie rozstrzelany były wikariusz kościoła św. Rafała, uczestnik Powstania z 1831 roku, ks. Rajmund Ziemacki. Odnowiona, przed kilkoma laty, tablica upamiętniająca księdza zdobi ścianę kościoła tuż przy bramie wejściowej.
W roku 1870 w kościele św. Rafała Archanioła w Wilnie miało miejsce bezprecedensowe wydarzenie: dziekan wileński ks. Stanisław Piotrowicz „spalił publicznie na ambonie ukaz rządowy, zaprowadzający zmianę ksiąg liturgicznych na język rosyjski do Kościoła. Śmiałe wystąpienie ks. Piotrowicza i publiczne napiętnowanie zamiarów rządu wywarło wpływ doniosły na duchowieństwo i wiernych. Rząd od zamiaru odstąpił, a ks. Piotrowicza zesłał na wygnanie do m. Koły, położonego na dalekiej północy w gub. Archangielskiej”. W okresie międzywojennym Wolni Rodacy ufundowali tablicę pamiątkową „Bohaterskiemu Obrońcy Kościoła i Ojczyzny w czasach niewoli”. Tablica ta zdobi ścianę przy prawej nawie, przy ołtarzu głównym.
Do dnia dzisiejszego w kościele grają organy o 15 rejestrach stworzone w 1888 roku przez wileńskiego mistrza Floryana (Floriana) Ostromęckiego.
Podczas II wojny światowej kościół doznał licznych zniszczeń: 22 czerwca 1941 roku w czasie bombardowania miasta przez Niemców, bomba, która spadła na kościół przebiła sklepienie oraz posadzkę i wpadła do podziemi. Schroniło się tam wiele ludzi, m.in. ks. dr Wacław Siekierko, który, jako jedyny wówczas, zginął przygnieciony gruzami. Ks. Siekierko był prefektem szkół średnich w Wilnie i obrońcą węzła małżeńskiego w Sądzie Arcybiskupim.
Po wojnie kościół uniknął tragicznego losu wielu innych świątyń katolickich w Wilnie i przetrwał, jako działający kościół, do czasów współczesnych, mimo że poważniejsze prace restauratorskie przeprowadzono dopiero w 1975 roku.
Obecnie służy wiernym jako kościół, terytorialnie największej w Wilnie, parafii.
W 2008 roku, z inicjatywy wileńskiego publicysty i pisarza Jerzego Surwiło, dzięki staraniom którego została ustalona tożsamość prawie pół tysiąca ofiar katyńskich pochodzących z terenów byłego Wielkiego Księstwa Litewskiego, została odsłonięta "Tablica Katyńska". Umieszczenie tablicy właśnie w kościele świętego Rafała Archanioła wiązało się m.in. z faktem, że w okresie międzywojennym, świątynia pełniła funkcję kościoła garnizonowego.
